为全面加强水功能区监督管理，有效保护水资源，保障水资源的可持续利用，推进生态文明建设，依据《中华人民共和国水法》《中华人民共和国水污染防治法》等法律法规，水利部对《水功能区管理办法》进行了修订，并更名为《水功能区监督管理办法》。办法将水功能区限制纳污管理作为核心内容，从以下5个方面作了规定：

1、限制排污总量，明确由流域管理机构和地方水行政主管部门核定水域纳污能力和提出限制排污总量意见，地方水行政主管部门或者流域管理机构发现重点水污染物排放总量超过水功能区控制指标的，或者水功能区的水质未达到其使用功能对水质要求的，应当及时报告有关地方人民政府采取治理措施，并通报有关地方人民政府环境保护行政主管部门。

2、水功能区水质限期达标，要求水功能区达标率未达到国务院或地方人民政府批准的控制目标的，县级以上地方人民政府应当组织相关部门制定并实施水功能区限期达标整治方案，通过截污控污、生态修复等工程和非工程措施，限期达到确定的控制目标。

3、整治污染存量，要求对现状入河排污口进行布局和整治。流域管理机构应当根据水功能区保护目标、水域纳污能力、敏感水生态保护目标，以及流域水污染防治和水资源保护等规划要求，提出流域入河排污口布局规划或指导意见。县级以上地方人民政府水行政主管部门应当会同有关部门，按照经批准的入河排污口布局规划或指导意见，编制入河排污口整治方案，报同级人民政府批准后实施。

4、限制污染增量，依据《水法》和《水污染防治法》，重申了入河排污口设置同意有关分级办理的规定。对于取水许可申请(水资源论证)文件由国务院水行政主管部门或者流域管理机构审批的建设项目需要设置入河排污口的等四种情形，由流域管理机构负责入河排污口设置审查和出具同意文件。其他入河排污口设置同意的分级权限由省、自治区、直辖市人民政府水行政主管部门确定。

5、严格入河排污口监督管理，规定了入河口档案、报告、监测和监督检查等管理要求。

本办法自2017年4月1日起施行。